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下载大型sra文件的最佳方法

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我们通常用wget或curl下载文件，然而由于NCBI 和EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果 最佳生物信息工作环境 Mac下使用Aspera Connect全速下载大型NCBI文件的方法1，下载安装SRA Toolkit Documentation  高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read 常见的下载方法： aspera 工具下载wget, curl 命令直接下载NCBI官方的 会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。 Mac下使用Aspera Connect全速下载大型NCBI文件的方法 具体的command line命令如上，先cd进入安装时sra的安装路径/ncbi/sra/bin ，使用上述命令之前  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面 下来,但对于某些大型项目,或者某些时候只需要其中一两个文件,那该怎么办呢? 然后点击“Accession List”，会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。 使用如下命令批量下载(放入后台不中断  下载NCBI SRA数据的最佳方法 下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了 根据提示在window上安装好aspera后，再进入geo数据库尝试下载sra文件， 

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在检索页面中，一路下拉；在Supplementary file中点击Download中的custom，展开原始数据对应列表；点击“Select all“，然后点击Download，即可将所有样本的原始数据RAW Data文件下载； 虽然这是最直接的方法，但是RAW Data文件相对较大，对下载的网速要求相对较高，而且不同的芯片来源，有不同的处理方法，甚至有些芯片没有处理方法，因为其是对应定制的。 我找到的主要方法有两三个，分别是通过网页下载，API批量下载和ftp批量下载。 1.网页 下载 这个比较简单，也已经有很多教程，列在这里，我就不写了。 如果想保留生成的dbg文件，可以添加参数 --savegraph normC20k27.ct. 去除可能错误的kmer. 这一步去除上一步中coverage很高，但是kmer abundanc 低的reads。 filter-abund.py -V -Z 18 normC20k20.ct input.keep.fa && \ rm input.keep.fa normC20k20.ct # 我自己使用的时候实际没有执行这一步 提取pair end reads TCPA数据库挖掘视频 (TCPA蛋白质数据库RPPA) 这个时候，我们通常有以下几种验证方法：1）对于有条件的实验室，可以通过自己做实验进行验证； 2）通过geo数据库验证，geo缺点是很多数据没有临床随访信息； 3）通过arrayexpress、icgc、cgga、ccle、sra、cptac等其他数据库进行验证，这些我们都有相应的课程。. 今天生信自学网给大家一个新的数据库---tcpa数据库 下载数据，从SRA数据库下载数据有多种方法。可以用 ascp 快速的来下载sra文件，也可以用 wget 或 curl 等传统命令从FTP服务器上下载sra文件（但是wget和curl下载的sra文件有时候会不完整），另外NCBI的 sratoolkit 工具集中的 prefetch 、 fastq-dump 和 sam-dump 也支持直接下载。 在conda下安装aspera软件conda install-y-chcc aspera-cliwhichascp找到要下载的数据的bioproject； 一般知道它的geo accession和sra number就可以从geo和sra网站上找到。 通过下面这个网站进入https:www.ebi.ac.ukenabrowserhomeimgimgshow selected columnsimg下载它的tsv格式文件，用xftp上传到linux自己操作的 ACC - 高级缓存控制 (Advanced Cache Control) > 删除在会话中通过浏览器缓存的所有数据和附件, 包括: cookies, 浏览器历史,自动完成或存储的密码， 临时文件或下载的文件 > 多平台支持 (Windows, Linux, Mac) ASD - 安全桌面技术(Aventail Secure Desktop) > 高级数据保护选项 > 实时加密会话的数据, 包括下载的附件、 文件、缓存内容 和cookies > 加密结束于会话结束,删除任何已显示或 保存的信息

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